公益基金会内部控制的有效性评估方法主要包括以下几种：
系统化、规范化的方法：通过系统化和规范化的审计管理制度，审查和评价基金会内部控制和风险管理的适当性和有效性。这种方法强调在审计过程中运用标准化的流程和工具，以确保评估的准确性和一致性。
绩效考核指标体系：构建基于平衡计分卡（BSC）理论框架的绩效评估指标体系，并通过问卷的方式改进指标体系，再利用层次分析法（AHP）为各级指标进行权重赋值。这种方法通过设定具体的绩效指标来衡量基金会的运营效率、质量和效果。
问卷调查法：采用问卷调查的方法对公益基金会内部控制目标的实现状况及控制要素现状进行研究，发现样本基金会普遍更重视内部控制目标的合规性方面，但运营管理能力需进一步提高。这种方法通过收集内部员工和相关利益方的意见和反馈，了解内部控制的实际执行情况。
组织效能评估体系：提出以过程加结果为两大一级维度，以效率、效益、人均效能、组织氛围为四大二级维度的组织效能评估体系。这种方法通过多维度的评估指标来衡量基金会的整体效能。
公益基金会的内部治理能力是如何提升的？
公益基金会的内部治理能力可以通过多种方式提升。首先，通过开展内部治理及人员能力建设培训，可以优化治理机制，完善人才培育，提升工作效能，明确目标战略。例如，中国社会福利基金会就举办了社会组织内部治理能力提升培训班，旨在通过系统化的培训来提高基金会的治理水平。此外，内部控制制度的改进和完善也是提升内部治理能力的重要途径。非营利组织应当根据自身的运营特点和内部控制的需求，合理选择内部控制的方法与策略，以确保各项管理活动的有效执行。
在具体措施上，可以结合案例及数据，提出具有普遍适用性的改进措施。同时，基金会还需要加强内外部监督机制。内部监督应包括建立适当的决策和监督机构，进行权力的内部制衡；外部监督则应包括政fu监管、社会公众监督和绩效评估制度。通过这些措施，可以进一步提升基金会的透明度和公信力。
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